第三季的故事发生地从地中海小岛变成中国广西柳州。在公元前一万年，柳江小妹在白莲洞内通过神奇的门来到了现代的拇指冒险岛，小妹手中的紫色手环正是拇指联盟寻找的紫色宝石。拇指联盟在帮助小妹回到家乡的过程中，遇到了神秘黑衣人的不断阻挠。最终，在拇指联盟的共同守护下，小妹通过神奇的门回到了遥远的家乡，和父母团聚。