宇航员在火星上发现了一个神秘的潘多拉魔盒，并把它带回了地球，然而带有强大力量的潘多拉魔盒却引发了天空之壁的惨剧，巨大的天空之壁从地底冒出，将日本分为东都、西都、北都三个地区。这三个地区为了争夺潘多拉魔盒而爆发了战争。天才物理学家桐生战兔挺身而出，他变身成为假面骑士创骑，和伙伴们一起化解了战火。然而，东都、西都、北都的战争结束后，潘多拉魔塔内建立起了新政府，各都由三位都长负责管理。然而这三位都长却在就职演讲上扬言要歼灭假面骑士创骑，他们利用某种力量让人们变得疯狂，现在全市的人们一心只想着铲除假面骑士。桐生战兔因此遭到了追杀，让他没想到的是他的好伙伴万丈龙我也中招了。为了救出龙我，战兔最后的实验开始了。