人気アニメシリーズ「空の境界」の原作者・奈须きのこ率いる「TYPE-MOON」が原作を务め、ゲームやTVアニメなどさまざまメディアで展开する「Fate/stay night」の剧场版。少年・士郎は街を焼き尽くすほどの大灾害で全てを失い、魔术师を名乗る男に引き取られる。それから10年、士郎はふとしたことから「圣杯戦争」と呼ばれる魔术师同士の争いに巻き込まれ、幼い顷に起きた惨剧を繰り返さないために、壮絶な戦いに身を投じることになる。