雨の日にひろしとみさえのもとに可愛らしい赤ちゃんが誕生するシーンからスタート。幾つかあった名前の候補から「しんのすけ」と名付け大切に育ててきたひろしとみさえに衝撃が走る。――「しんちゃんが、俺たちの子供…じゃない！？」耳を疑うようなセリフの次に映し出されるのは、ニンジャしんのすけ。屋敷中に現れる謎の忍者軍団がしんのすけに襲い掛かるが、ニンジャしんのすけは敵の攻撃の前で見事な体さばきと本格忍法を披露！ と、思いきや「忍法分身の術」ならぬ「分シリの術」で忍者軍団を惑わす、いつものおバカパワーも炸裂。さらに映像には『野原忍法』を駆使する野原一家、そして火を噴くインテリゴリラと妊婦のくノ一「ちよめ」、さらにこちらを覗く謎の少年の姿も。何故しんのすけは忍者になったのか、果たして彼らは何者なのか？ しんのすけは本当にひろしとみさえの子ではなかったのか？ そしてもののけとは一体……。
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