我々の世界とよく似ているが、魔法力が存在する世界。その世界は戦乱と共にあった。1939年。突如として襲来した異形の敵『ネウロイ』の前に、人類は多くの版図を失った。瘴気をまき散らし金属を吸いつくすネウロイに通常の軍隊は歯が立たず、唯一対抗できる存在は、新兵器ストライカーユニットで空を駆け、魔法力を身にまとうウィッチのみ。だが彼女たちの奮闘もむなしく大国カールスラントは陥落し、人類の命運は風前の灯火に思えた。そんな1944年の夏、はるか東方の島国扶桑で、ひとりのウィッチが戦いに身を投じようとしていた。彼女の名は宮藤芳佳。ストライカーユニット開発者を父に、治癒魔法を使うウィッチを母にもつ少女だ。歴戦のウィッチである坂本美緒に誘われ、彼女は激戦地ブリタニアへとむかう。父が遺した『その力を、多くの人を守るために』という言葉を胸に抱いて。そしてブリタニアで宮藤を出迎えたのは、各国から集められたエースたち。その部隊こそネウロイに対抗するために結成された人類の砦、第501統合戦闘航空団――通称ストライクウィッチーズだったのだ。彼女たちの活躍でガリア地方のネウロイは消滅し、ヨーロッパに束の間の平和が訪れたかにみえた。各地でネウロイの活動は弱まり、ひとびとは荒廃した国土の復興に力を注いでいた。第501統合戦闘航空団も解散し、隊員たちはそれぞれの故郷に戻り、また新たな戦場で武器を取っていた。だがそんなおりヴェネツィア上空に巨大なネウロイの巣が現れて、人類は再び存亡の危機に立つことになる。1945年春。民間人に戻った宮藤は、扶桑でその報を聞いた。