2006年12月22日より発売された『くじびきアンバランス DVD-BOX』の購入特典として同梱された完全新作。全3話。2008年6月には1巻にまとめた『げんしけんOVA COLLECTION』が発売された。2007年12月31日にキッズステーションにて一挙放送。スタッフおよび製作会社は横手以外ほぼ変更されたが、声優陣は『第1期』のキャストを起用。原作第24話「にゅーアンバランス」から第26話「斑目式買い物法応用編」、第31話「かしまし娘 1」、第32話「フタリノセカイ」に当たる内容で、原作と一部時系列が異なる。また作中にある立川駅でのシーンから、春日部と高坂が大学から立川市以遠で暮らしていることが示唆されている。原作との相違点は以下の通り。大野の着メロが変更。荻上の『くじアン』のコスプレがTV版のデザインに変更。恵子の登場シーンがカット。13話にてSNKプレイモアの「ザ・キング・オブ・ファイターズ XI」、オープニングと14話にてアルファ・システムの「式神の城II」の映像を使用。オープニングはTV版『くじアン』のパロディで、主題歌は引き続きmanzoが担当。エンディングもアツミサオリの「びいだま」がそのまま使用されている。